Σκοπός του ΠΜΣ είναι να εισαγάγει τους φοιτητές των Γεωπονικών και Βιολογικών  επιστημών στο γνωστικό αντικείμενο της Βελτίωσης των φυτών και να βοηθήσει στην κατανόηση των αρχών και σύγχρονων μεθόδων που διέπουν τη βελτιωτική διαδικασία, παρέχοντας τη δυνατότητα για τη συνέχιση των σπουδών τους στην Ελλάδα και αποφυγή απώλειας των διακεκριμένων πτυχιούχων στο εξωτερικό. Επιπλέον στόχος είναι, και η παροχή χρήσιμων και σύγχρονων γνώσεων σε πτυχιούχους που απασχολούνται ήδη επαγγελματικά σε επιχειρήσεις και βιομηχανίες στο χώρο της παραγωγής σπόρου και πολλαπλασιαστικού υλικού.